Cette association, créée en 1895, a été reconnue d’utilité publique par Félix Faure, le 23 mars 1898. Elle avait, à l’époque, pour but de
"créer les liens d’une véritable fraternité entre les enfants, les jeunes gens et jeunes filles qui jouissent de l’aisance, et les enfants pauvres, orphelins ou abandonnés".
Elle comptait dès le début une grande expansion puisqu’en 1907, 15.000 membres. Elle se distingua très vite par ses actions novatrices : les premières garderies et cantines scolaires au Havre, une bibliothèque pour les apprentis à Paris, des goûters du jeudi, des colonies de vacances qui permirent à 300 enfants de Paris de partir au grand air en 1908.
En parallèle, la LFEF ouvrit dès 1902 un dispensaire assurant à Paris des soins gratuits aux enfants, puis en 1907, un plus autre lieu plus vaste dans le 13e arrondissement. Sur ce site, elle inaugura en 1908 l’hôpital Marie Lannelongue.
En 1912, ce dispensaire-hôpital assurait 41 000 consultations et 8 500 journées d’hospitalisation. Elle a ouvert par la suite d’autres dispensaires, avec des services dentaires, des centres d’hygiène scolaire, des consultations de neuro-pédiatrie et un service de cardiopathie infantile. En 1953, la LFEF, associée à la Caisse Régionale de la Sécurité Sociale, ouvrit le centre chirurgical Marie Lannelongue où furent pratiquées les premières interventions à cœur ouvert sous circulation extracorporelle (en 1955) et à cœur arrêté (en 1958). La LFEF demeure administratrice de cet hôpital de haut niveau situé au Plessis Robinson (92).
En 1970, un nouveau dispensaire voit le jour au 33 rue Daviel à Paris dans le XIIIème arrondissement ; dispensaire associé à la création d'un CMPP pour enfants déficients sensoriels. Ce centre propose dès 1974, un dépistage précoce des enfants sourds et une consultation pour enfants malvoyants. C'est dans ces locaux qu'en 1987 s'ouvre le Centre pour enfants plurihandicapés.
En 1998, le ministère des Affaires sociales confie à la Ligue Fraternelle des Enfants de France le Centre national de ressources Robert Laplane qui est l'un des quatre Centres nationaux handicaps rares, pour les enfants, les jeunes adultes sourds plurihandicapés et les dysphasiques graves.